2014年9月26日，中國科學技術信息研究所發布了《2014年版中國科技期刊引證報告（核心版）》，《生物工程學報》入選300種“第3屆中國精品科技期刊”，為“中國精品科技期刊頂尖學術論文（F5000）”項目來源期刊。

《2014年中國科技期刊引證報告（核心版）》，涵蓋了1989種中國科技核心期刊2013年的評價指標。通過對影響因子和總被引頻次等指標進行綜合評價，《生物工程學報》綜合評分列生物工程類核心期刊第一名。